تاريخ العلاقات اليابانية السعودية بدأت الإتصالات الرسمية بين دولة اليابان والسعودية عام 1938 عندما قام المبعوث السعودي لدى انجلترا حافظ وهبه بزيارة اليابان لحضور افتتاح مسجد طوكيو.
زار المبعوث الياباني لدى مصر ماسايوكي يوكوياما المملكة عام 1939 لأول مرة كمسئول ياباني والتقى بالملك عبد العزيز – رحمه الله – في الرياض. ( الرحلة اليابانية إلى الجزيرة العربية )
التطورات الرئيسية بعد الحرب العالمية الثانية كانت في إرسال أول وفد اقتصادي ياباني للسعودية عام 1953 وإقامة العلاقات الدبلوماسية الرسمية بين البلدين عام 1955.
و من الأمور المميزة للعلاقات الثنائية هو عندما منحت السعودية حق امتياز التنقيب عن البترول لشركة يابانية هي شركة الزيت العربية وقد حققت نجاحا ً في استخراج البترول فيما بعد. تم توقيع اتفاقية الامتياز في ديسمبر 1957 وتم اكتشاف تجريبي للبترول في يناير عام 1960.
بدأت الزيارات المتبادلة للشخصيات الهامة عندما قام الامير سلطان بن عبد العزيز بزيارة لليابان عام 1960 حين كان يشغل منصب وزير المواصلات. ثم عززت زيارة الملك فيصل لليابان عام 1971 الصداقة بشكل كبير بين البلدين. فازدادت الزيارات للشخصيات المهمة بين البلدين بعد الأزمة النفطية عام 1973.
لقد تطورت العلاقات بين العائلة الإمبراطورية اليابانية والعائلة المالكة السعودية من خلال هذه الزيارات المتتالية . قام ولي عهد اليابان الامير اكهيتو وولية العهد الاميرة ميشيكو وهما امبراطور وامبراطورة اليابان حاليا ً بزيارة للمملكة عام 1981. حضر الأمير نواف بن عبد العزيز مراسيم تتويج الامبراطور نيابة عن الملك فهد رحمه الله عام 1990. قام ولي عهد اليابان الامير ناروهيتو وولية العهد الاميرة ماساكو بزيارة للمملكة عام 1994.
وبالنسبة للتطورات الحديثة، قام رئيس وزراء اليابان ريوتارو هاشيموتو والملك فهد – رحمه الله – بصياغة “الشراكة الشاملة نحو القرن الحادي والعشرين” عندما زار الأول المملكة عام 1997. زار ولي العهد الامير عبد الله بن عبد العزيز اليابان عام 1998 ووقع ” التعاون السعودي الياباني مع رئيس الوزراء كييزو اوبوتشي. زار وزير الخارجية الياباني يوهي كونو المملكة عام 2001 واعلن مبادراته في ثلاثة مجالات: تشجيع الحوار بين الحضارات مع العالم الاسلامي وتطوير مصادر المياه والحوار السياسي الواسع المتعدد